2026年8月，上海申花在中超联赛中遭遇连续6场不胜，同期俱乐部官方发布公告，体育总监孙晓天因个人原因辞去相关职务。

2026赛季中超前22轮结束后，上海申花积31分，联赛排名滑落至第7位，距离亚冠资格区的积分差距为9分。此前2025赛季，上海申花以2分优势力压上海海港夺得中超联赛冠军，终结队史二十年联赛冠军荒。

2026年6月28日，中超第16轮上海申花客场对阵大连英博的比赛中，球员金顺凯在一次拼抢撞击后受伤离场，当晚俱乐部发布伤情通报，确认其左侧第8第9肋骨骨折，合并外伤性血气胸，已完成胸腔闭式引流手术。

2026年8月28日，中超第25轮上海申花对阵山东泰山的比赛中，球员陈晋一受伤离场，次日俱乐部发布伤情通报，确认其右侧距腓前韧带部分断裂，预计恢复期4至6周。

2026年7月20日，上海申花客场对阵北京国安，当时场上比分0比1，球队完成换人调整，全场比赛最终比分定格在1比4。全场比赛上海申花累计完成2次射正，北京国安累计完成9次射正，上海申花最终输掉这场比赛。这场比赛结束后，上海申花联赛排名进一步滑落，距离亚冠资格区的积分差距被拉开至9分。

2026赛季前半程，上海申花累计出战11场正式比赛，时间跨度从2026年7月1日到8月28日，两场比赛之间的平均间隔天数不足7天。2026赛季冬窗，上海申花一线队转入7名球员，转出11名球员，一线队阵容变动率超过40%。

2026赛季前24轮中超联赛，球员陈晋一全部首发出场，累计出场时长达到2112分钟，是队内边路球员中出场时长最高的球员。

2026赛季中超前22轮，上海申花战绩为8胜7平7负，胜率约36%。2025赛季同期，上海申花战绩为12胜6平4负，积42分，位列联赛积分榜第2位。2026赛季同期，上海申花积31分，较上赛季同期积分少11分，联赛排名滑落至第7位。

2026赛季中超前22轮，同城球队上海海港战绩为14胜5平3负，积47分，位列联赛积分榜第1位。

2026赛季中超联赛积分规则明确，胜一场积3分，平一场积1分，负一场积0分，赛季结束后积分排名前3名的球队获得亚冠精英赛参赛资格，第4名获得亚冠二级联赛参赛资格。

2026赛季亚冠二级联赛报名规则规定，每支参赛队可报名最多3名外援，符合亚足联参赛资格的本土球员人数不做限制。2026赛季中超联赛U23球员出场规则要求，每队每场比赛场上必须始终保持至少1名U23球员在场，特殊情况可向联赛组委会申请豁免。

2026年8月5日，中超联赛上海申花主场对阵沧州雄狮，当时场上比分0比0，球队完成多次换人调整，全场比赛最终比分定格在0比2。这场比赛结束后，上海申花正式遭遇赛季连续6场不胜，累计6场比赛积0分。

2025赛季，上海申花对阵沧州雄狮主客场完成双杀，累计打入4球零封对手。2026赛季主场交手，上海申花零进球，对手完成2粒进球。

2026赛季前半程，上海申花一线队出现3名主力球员伤停的情况，同期2025赛季中超冠军球队山东泰山，未出现核心管理层离职、主力球员连续重伤的情况，联赛战绩保持稳定。

2026赛季中超前22轮，沧州雄狮累计积30分，位列联赛积分榜第8位，积分与同期上海申花的31分仅相差1分。上海申花在多名主力伤停的情况下，仍完成多轮联赛出战，未出现连续零封输球的对应走势。

2026年12月，亚冠二级联赛小组赛开赛，上海申花出战相关赛事。2026年9月1日，上海申花客场对阵大连英博，出战足协杯1/4决赛。2026年9月中旬，中超联赛重启，上海申花出战第26轮联赛。

2026年10月，亚运会男足赛事开赛，存在申花球员被国字号征调的可能性。2026年11月，2026赛季中超联赛全部结束。